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A raíz de la conquista, la ciencia novohispana respondió a los diversos menesteres que fueron surgiendo, particularmente en la medicina y en la minería. América se daba cuenta de la radical diferencia que tenía con Europa y de sus necesidades particulares. Los hombres de estudio del virreinato tuvieron que lidiar con un medio alejado de los grandes centros de ciencia y cultura del mundo, con las diferencias entre las clases que formaban la sociedad novohispana, con los elementos a veces limitados de los que disponían, y con los prejuicios propios de la época.
América era todavía un vasto territorio con muchas cosas por descubrir. Naturalmente, al principio los americanos se basaron en los conocimientos del español. Posteriormente, el pensamiento de Francia, el de Inglaterra y el de Alemania influyeron notablemente en la ciencia novohispana. La región comenzó a generar ideas y logros propios.
Durante el virreinato, la Iglesia fue la principal encargada de la educación, especialmente los jesuitas. Los eclesiásticos hicieron grandes contribuciones en el campo del saber; pero, desafortunadamente, el desarrollo científico se vio entorpecido por su fuerte apego a las concepciones medievales, su hermetismo, la persecución y la censura.