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Los flavonoides ejercen un amplio espectro de funciones en las plantas, principalmente como pigmentos de colores amarillos en los pétalos de las flores con la función de atraer los insectos polinizadores, o de colores azules (antocianos) con la función de captar ciertas longitudes de onda de la luz, lo que permite a la planta reconocer el fotoperiodo. Muchos de estos flavonoides también están implicados en la filtración de los rayos ultravioleta protegiendo las plantas. A nivel celular los flavonoides tienen funciones de reguladores del ciclo celular. Ciertos flavonoides se sintetizan en las raíces de las plantas y tienen papeles cruciales en el establecimiento de hongos simbióticos o de micorrizas y, al mismo tiempo, en el combatir las infecciones causadas por hongos patógenos.