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Los científicos creen que el agua ácida disuelve los nutrientes y minerales en el suelo y luego los lava antes de que los árboles y otras plantas pueden usarlos para crecer. Al mismo tiempo, la lluvia ácida provoca la liberación de sustancias tóxicas en los suelos, tales como el aluminio. Estos son muy perjudiciales para los árboles y las plantas, incluso si el contacto es limitado. Las sustancias tóxicas también son transportadas mediante los arroyos, ríos y lagos.
Cuando las hojas de las plantas reciben con frecuencia esta niebla ácida, su capa de cera protectora puede desgastarse. La pérdida de ella crea manchas marrones.
Mediante la fotosíntesis, las hojas convierten la energía de la luz solar en alimento para su crecimiento. Cuando las hojas están dañadas, no pueden producir suficiente energía alimentarse y mantenerse saludable. Así, se vuelven débiles, suceptibles a enfermedades y a ser atacadas por insectos, siendo muy probable que mueran.