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El planteamiento de la historia sucede en Norteamérica, dónde tras la enfermedad de Lisa Cold, que padece cáncer, el padre de Alexander, John Cold decide enviar a su hijo a vivir un tiempo con su abuela de Nueva York Kate Cold, cuyo oficio es de reportera del National Geographic.
Después de superar con cierta dificultad diferentes adversidades, llega por fin a reunirse con su abuela, que no parece interesarse mucho por lo que le sucedió a su nieto durante el viaje.
Una vez reunido con su abuela, esta le anuncia que en breve tendrán que emprender un viaje por el Amazonas ya que tiene que escribir un reportaje para el National Geographic sobre una serie de misteriosos sucesos, así que partieron hacia Manaos que está situado en el lado Atlántico de América del Sud.
Una vez en Manaos, Kate y Alexander conocen el resto de expedicionarios que los acompañarán en el largo viaje, que son: El guía César Santos y su hija Nadia, El capitán Ariosto, La doctora Omayra Torres, el antropólogo Tony Leblanc, un indio que en realidad forma parte del Departamento para la Protección de los Indios y que se hace llamar Karakawe, los fotógrafos Joel González y Thimothi Bruce y un mono amigo de Nadia, Boroboá.
Antes de partir, Mauro Carías, el hombre que financia la expedición invita a todos los miembros del “equipo” a visitar su lujosa casa, dónde casualmente Alexander descubre que su animal totémico es el jaguar.
Una vez en el Amazonas empieza la verdadera aventura para los expedicionarios. Durante el viaje en barca muere uno de los soldados y fueron atacados por los indios. Al llegar en tierra firme, el fotógrafo Joel González es atacado por una anaconda y tiene que volver a Santa Maria de la Lluvia, y esa misma noche muere otro soldado en manos de la Bestia.
Días más tarde, Álex y Nadia son secuestrados por los indios de la neblina, aunque rápidamente pasan a ser sus amigos ya que Nadia conoce a Walimai, el chamán de la tribu. Después de horas de camino y de superar innumerables obstáculos, los chicos llegan a El Ojo del Mundo, lugar dónde viven los indios protegidos del mundo exterior. Allí empiezan a relacionarse con los miembros de la tribu y días más tarde, Walimai se lleva a los chicos para emprender un viaje hacia el Dorado, hogar de las bestias, consideradas semidioses para los indios. En el Dorado Nadia consigue los tres huevos de cristal, considerados fundamentales para salvar a los indios de la neblina i Álex obtiene el agua de la eterna juventud, necesaria para poder salvar a su madre del cáncer.
Una vez están de vuelta a casa de los indios, Walimai y los chicos descubren que Kate y los demás han llegado al Ojo del Mundo y por fin se reencuentran.
Nadia convence a los indios que necesitan tomar las vacunas que la doctora Torres tiene para poder sobrevivir a las epidemias y cuándo por fin los indios parecen dispuestos a vacunarse, Álex y Nadia comprenden que Mauro Carías y la doctora Torres están confabulados para eliminar los indios mediante las vacunas que en realidad contienen una dosis mortal del sarampión y así apoderarse de sus tierras. Es entonces cuando Karakawe muestra su verdadero rostro (espía del gobierno) y es asesinado por el capitán Ariosto y esa misma noche el capitán es asesinado por una de las bestias. Al día siguiente los expedicionarios vuelven a Santa Maria de la Lluvia y cada uno vuelve a su casa, dónde tanto Kate como Tony Leblanc estarán dispuestos a hacer lo que sea para que declaren la región de los indios de la neblina patrimonio natural