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Santander ingresó como recluta voluntario en las filas patrióticas y ascendió a Subteniente Abanderado del Batallón de Infantería de Guardias Nacionales, el famoso Batallón 5º de la Unión. Fue parte de la Inspección Militar, de la Comisión de Guerra en la Junta Suprema y colaboró con Antonio Baraya en la campaña del Norte y en la Guerra de la Federación contra las fuerzas centralistas de Cundinamarca después de haber anexado Mariquita en sus filas, siendo ascendido sucesivamente a Teniente y Capitán, en menos de un mes en 1812. Fue herido y hecho prisionero durante el asedio a Bogotá por las fuerzas centralistas al mando de Antonio Nariño, quien lo libera para enviarlo a servir en la campaña del general Simón Bolívar en el norte. En 1813, ya ascendido a Sargento Mayor, Bolívar le encomendó la defensa de los valles de Cúcuta, donde fue vencido por los realistas aunque tuvo victorias a pesar de la inferioridad cuantitativa, defendiendo o recuperando los valles de Cúcuta y parte de Venezuela, hasta la batalla de Cachirí, donde mandó la vanguardia y la descubierta, tras lo cual se vincula a la guerra en Venezuelahaciendo toda la campaña del Centro hacia Caracas en 1818, además de hacer la campaña de Barinas, laCampaña de la Guayana o la campaña Apure, y contiendas como Fuerte Brión, hato del Yagual, Achaguas, Bancolargo, Guayabal, Calabozo, El Sombrero, La Puerta, Barbacoas, Acurén, Ortiz, el Rincón de los Toros y otras.
En 1813 Santander no participó en la Campaña Admirable en la que Bolívar continuó sus acciones en territorio venezolano. Santander permaneció en la población de La Grita, que había capturado por asalto, en apoyo al coronel Manuel del Castillo, quien se negó a seguir hacia Caracas.
Por sus méritos, Santander fue ascendido a sargento mayor general. En 1814 se convierte en coronel y desde1816 participa en el repliegue del ejército libertador en los llanos, si bien dura poco en la comandancia de este ejército debido a la resistencia de los soldados llaneros a ser dirigidos por un militar ajeno a la región y que previamente había rechazado por considerarse incompetente para dirigir a los llaneros rebeldes a la disciplina militar. Pero entonces, de acuerdo con el nombramiento de Páez, enterró su espada en el suelo, declaró que prefería morir con ella enterrada antes que consentir que el nombramiento no fuera hecho adecuadamente y se ganó cierto respeto que también ganaría luchando al lado de Páez. Fue comandante de la segunda brigada de caballería, venciendo en El Yagual donde fue crucial, cargó violentamente, y asimismo lucharía lanza en mano en la campaña de los Llanos. En 1818 es ascendido a general de brigada, y con experiencia como oficial de Estado Mayor y comandante, man