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Se caracterizó genéticamente 136 peruanos mestizos de las regiones norte, centro y sur del Perú, empleando un conjunto de 30 marcadores autosómicos no codificantes de inserción y deleción denominados INDELs. Se evaluó la diversidad genética como una medida de la heterosigosidad media en la población y se obtuvieron las frecuencias alélicas y genotípicas para los 30 marcadores estudiados. De los análisis de varianza molecular (AMOVA) y distancias genéticas entre poblaciones (Fst) no se observó diferencias significativas entre los grupos norte, centro y sur del Perú, pero si una alta diversidad genética a nivel de individuos (97.86%), es decir que la población mestiza del Perú se presenta en estos análisis como una unidad poblacional sin subestructura genética. Ninguno de los 30 marcadores INDELs mostraron desviaciones al Equilibrio de Hardy–Weinberg. Por otro lado los análisis de estructura poblacional en el Perú no muestran algún grado de agrupamiento que evidencie subestructura, sin embargo a una escala intercontinental se realizó una comparación con datos que emplearon el mismo sistema de marcadores en la población de España, País Vasco y Uruguay resultando un valor de K igual a 02 (dos), donde se observa que el Perú se muestra como un grupo poblacional con muy poco componente genético español a diferencia de Uruguay donde el componente español es predominante. De estos resultados se infiere que la población peruana posee mayormente un componente genético americano nativo que podría ser andino o amazónico. Adicionalmente se evaluó los parámetros estadísticos de interés forense. Este sistema de 30 marcadores muestra un alto Poder de Discriminación ( 99.99999999%) y una baja probabilidad de coincidencia (0.00000000001426561820), estas variables son importantes en genética forense ya que posee una alta capacidad de discriminar un perfil genético de ADN de otro que se haya encontrado en la misma escena del crimen, adicionalmente al poseer una baja probabilidad de coincidencia significa que la probabilidad de que dos individuos no relacionados tengan el mismo perfil genético en la escena del crimen es prácticamente cero.