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La característica que distingue a la cromatografía de la mayoría de los métodos físicos y químicos de separación es que se ponen en contacto dos fases mutuamente inmiscibles. Una fase es estacionaria y la otra móvil.
Una muestra que se introduce en la fase móvil es transportada a lo largo de la columna (colector) que contiene una fase estacionaria distribuida.
Las especies de la muestra experimentan interacciones repetidas (repartos) entre la fase móvil y la fase estacionaria. Cuando ambas fases se han escogido en forma apropiada, los componentes de la muestra se separan gradualmente en bandas en la fase móvil.
Al final del proceso, los componentes separados emergen en orden creciente en interacción con la fase estacionaria. El componente menos retardado emerge primero, el retenido más fuertemente eluye al último.