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Una vez que los conquistadores españoles fueron capaces de derrotar al Imperio Inca, surgió una lucha encarnizada entre ellos por controlar los territorios que acababan de conquistar y por el enorme poder político y económico que esto suponía. Es lo que se conoce como las Guerras Civiles entre los conquistadores del Perú, que se extendieron entre 1537 y 1554.Tres fueron las personas que lideraron la conquista del Imperio Inca, Francisco Pizarro (Trujillo, dieciséis de marzo de 1476 o 1478 – Lima, veintiséis de junio de 1541); Diego de Almagro (Almagro, 1475 – Cuzco, ocho de julio de 1538) y el sacerdote Hernando de Luque (Olvera ¿?- Panamá 1532 o 1533). Estos tres personajes castellanos firmaron el conocido como Pacto de Panamá el diez de marzo de 1526 por el cual quedaba constituida la Compañía de Levante que tenía el objetivo de realizar la conquista del vasto territorio perteneciente a los incas tras haber resultado fallido el primer intento de conquista realizado por ellos en 1524.
Los problemas entre Pizarro y Almagro comenzaron tras la firma de la Capitulación de Toledo,el veintiséis de julio del año 1529, Capitulación firmada por Francisco Pizarro y la Corona española, encabezada por la Reina Isabel de Portugal(ya que Carlos I estaba ausente) y por el Conde de Osorno, García Fernández Manrique, Presidente del Consejo de Indias en aquellos momentos. En esta capitulación, la Corona otorgaba a Pizarro la colonización de la Provincia de Nueva Castilla (Perú) desde el puerto de Tempulla o Santiago, en la costa del actual Ecuador, hasta la ciudad peruana de Chincha, unas doscientas leguas en total. Esa zona había sido explorada por Pizarro, Almagro y Luque desde 1524. Por lo tanto, esta capitulación significaba el triunfo personal de Pizarro sobre sus dos compañeros de conquista, a los que la Corona española relegaba a un segundo plano.
Por cuanto vos el capitán Francisco Pizarro, vecino de Tierra-Firme, llamada Castilla del Oro, por vos y en nombre del venerable padre don Fernando de Luque, maestreescuela y provisor dé la iglesia de Darién, sede vacante, que es en la dicha Castilla del Oro, y el capitán Diego de Almagro, vecino de la ciudad de Panamá, nos hicisteis relación que vos é los dichos vuestros compañeros, con desseo de nos servir e del bien e acrescentamiento de nuestra Corona real, puede aver cinco años, poco mas o menos, que con licencia e paresçer de Pedrarias Dávila, nuestro governador e capitán general que fué de la dicha Tierra Firme, tomastes cargo de ir a conquistar, descobrir e paçificar e poblar por la costa de la mar del Sur de la dicha Tierra, a la parte de levante, (…) Yo La Reina.
Posteriormente, la Capitulación de Toledo se completó con la Real Cédula del veinte y uno de mayo de 1534. Desde ese momento, la Corona dividió todo el territorio conquistado en dos gobernaciones, una Gobernación llamada Nueva Castilla para Pizarro, de doscientas setenta leguas de distancia, desde la ciudad costera de Tempulla o Santiago, hacia el sur; y una gobernación para Almagro que comenzaba justo donde terminaba la de Pizarro en la parte sur, llamada Gobernación de Nueva Toledo, y que se extendía hacia el sur doscientas leguas. Hernando de Luque ya había fallecido en Panamá.