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Durante el siglo XVIII destacó la figura del sacerdote, botánico y matemático José Celestino Mutis (1732 - 1808), delegado por el virrey Antonio Caballero y Góngora para realizar un inventario de la naturaleza de la Nueva Granada, que fue conocido como la Expedición Botánica, la cual clasificó plantas, fauna y fundó el primer observatorio astronómico en la ciudad de Santa Fé de Bogotá.
El 15 de agosto de 1801 el científico prusiano Alexander von Humboldt llega a Fontibón en donde se abraza con Mutis y comienza su expedición por la Nueva Granada hasta Quito. El encuentro entre ambos estudiosos es considerado el punto más brillante de la expedición botánica. Humbolt viajó también por Venezuela, México, Estados Unidos, Chile y Perú. Sus observaciones de las diferencias de temperatura del Océano Pacífico entre Chile y Perú en diferentes periodos del año le hizo descubrir las corrientes frías que se desplazan de sur a norte hasta las costas peruanas, lo que se llamó en su honor la Corriente de Humboldt.