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La clasificación mineral se basa en la composición química y en la estructura interna, las cuales en conjunto representan la esencia de un mineral y determinan sus propiedades físicas. De acuerdo con la composición química, los minerales se dividen en clases según el anión o grupo aniónico dominante, por ejemplo, los óxidos, los haluros, los sulfuros y los silicatos, entre otros.
Los minerales poseen el mismo anión o grupo aniónico dominante en su composición, por eso tienen semejanzas familiares y características más clara y fuertemente marcadas que aquellas que comparten los minerales que poseen el mismo catión dominante. Ejemplo de ello son los carbonatos, ya que estos se parecen más entre sí que los minerales de cobre.
Los minerales relacionados por el dominio del mismo anión tienden a presentarse juntos en el mismo lugar o en yacimientos geológicos semejantes; por ejemplo, los sulfuros generalmente se presentan en asociaciones próximas a depósitos del tipo de vetas o reemplazamiento, mientras que los silicatos forman la mayor parte de las rocas de la corteza terrestre.
Es importante destacar que la química sola no es suficiente para caracterizar adecuadamente un mineral. Para una apreciación compleja de la naturaleza de los minerales y para la determinación de las estructuras internas se necesita el uso de los Rayos X. Los llamados principios cristaloquímicos fueron utilizados por W.L. Bragg y V. M. Goldschmidt para los minerales silicatados, a los cuales se les dividió parcialmente en subclases sobre la base de la composición química y principalmente en función de la estructura interna. Dentro de la clase de los silicatos, por lo tanto, existen silicatos a láminas y en cadenas que son subclases, basadas en la disposición estructural de los tetraedros de SiO2. Estos principios estructurales, en combinación con la composición química, proporcionan una clasificación lógica.
En base a este esquema se tiene la siguiente clasificación:
Elementos nativos
Sulfuros
Sulfosales
Óxidos e hidróxidos
Haluros
Carbonatos, nitratos y boratos
Sulfatos y cromatos
Volframatos y molibdatos
Fosfatos, arseniatos y vanadatos
Silicatos