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Una de las primeras acciones que tomaron los misioneros para evangelizar a los indígenas, fue destruir todos sus lugares sagrados y sus objetos religiosos. En algunos casos esta evangelización se hizo de manera violenta, cuando el indígena hacia resistencia a este procedimiento.
La intención de los colonizadores era acabar con la religión autóctona por considerarla pagana y supersticiosa. Con la evangelización se buscaba convertir a los indígenas al cristianismo y a la vez civilizarlos.
Otra de las acciones, fue la creación de la Encomienda por parte de la corona española. La encomienda era ejercida sólo por los españoles, llamados encomenderos y consistía en imponer a los indígenas, obligaciones a cambio de su manutención y su cristianización. Esto trajo como consecuencia la explotación y grandes abusos hacia los autóctonos.
El adoctrinamiento fue otra acción emprendida por los misioneros, esta consistía en pequeños asentamientos donde se levantaba una capilla, y en este lugar el doctrinero transmitía a los indígenas todo lo referente a la fe.
También fueron utilizadas las llamadas Reducciones, principalmente ejercida por los misioneros Jesuitas, eran poblados donde se concentraba a la población indígena. Las reducciones funcionaban como un estado dentro de otro estado, existían iglesias, comercio, escuelas, tenían una organización política con autonomía donde el misionero ejercía la máxima autoridad. Con la creación de este sistema se buscaba proteger al indígena de la explotación de los encomenderos y adicionalmente educarlos en la fe cristiana.
Los misioneros Franciscanos utilizaron el método selectivo y masivo para evangelizar, este consistía en evangelizar a los caciques para que difundieran la religión cristiana y bautizar a los indígenas.
Su logro fue crear sociedades con valores cristianos, difundir la religión cristiana y la conversión de los indígenas al cristianismo.