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Las universidades de investigación europeas se remontan a la fundación de la Universidad de Bolonia en 1088 y la de París (hacia 1160–70). En los Siglos XIX y XX, las universidades europeas se concentraron en la ciencia y la investigación, cuyos principios y filosofía han dado forma a la moderna universidad de nuestros días. Las primerasuniversidades medievales nacieron a partir de las escuelas palatinas, monásticas y episcopales existentes desde la Alta Edad Media y que se convirtieron en “universidad” (universitas) sustituyendo a aquellas. Sus objetivos incluían la formación de profesionales, la investigación científica y la enseñanza del pensamiento crítico con el objetivo de mejorar la sociedad. Influencias externas como el humanismo renacentista (mediados del S. XIV), la Ilustración (S. XVIII), la Reforma Protestante (1517), la revolución política, y el descubrimiento del Nuevo Mundo (1492) añadieron los derechos humanos y el Derecho internacional a los planes de estudios universitarios.
En el S. XVIII las universidades empezaron a publicar revistas científicas. En el S. XIX se establecieron los modelos universitarios alemán y francés. El modelo alemán establecido porWilhelm von Humboldt estaba basado en las ideas liberales de Friedrich Schleiermacher sobre la importancia de la libertad de pensamiento, seminarios, y la investigación laboratorios, lo que implicaba, al igual que en el modelo francés, una estricta disciplina y el control de todos los aspectos de la universidad. En los SS. XIX y XX las universidades se centraron en la ciencia, pero no se abrieron a las clases más populares hasta después de 1914. Además, hasta finales del S. XIX la religión ejercía una significativa y limitadora influencia en los planes de estudio académicos y en la metodología de investigación, hasta que el modelo alemán se convirtió en el estándar internacional. De igual forma, los británicos establecieron universidades por todo el mundo, haciendo así la educación superior accesible a las clases populares de muchos países.