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Muchos elementos de la filosofía de Descartes tienen precedentes en el aristotelismo tardío, el neoestoicismo del siglo XVI o en filósofos medievales como San Agustín. En su filosofía de la naturaleza, rechazó cualquier apelación a los fines finales, divinos o naturales, al explicar los fenómenos naturales en términos mecánicos. En su teología, insiste en la libertad absoluta del acto de creación de Dios. Al negarse a aceptar la autoridad de filósofos anteriores, Descartes con frecuencia distingue sus puntos de vista de los filósofos que lo precedieron. Afirmó un dualismo sustancial entre el alma y el cuerpo, rompiendo con la tradición aristotélica. Su declaración filosófica más conocida es "Pienso, luego existo" (en latín, cogito, ergo sum; en francés, je pensé, donc je suis), que se encuentra en Discurso del método (1637) y en Principios de la Filosofía (1644).
Descartes sentó las bases para el racionalismo moderno del siglo XVII, más tarde defendido por Spinoza, Malebranche y Leibniz, contraria a la escuela empirista inglesa compuesta por Hobbes, Locke, Berkeley y Hume. La influencia de René Descartes en las ciencias y matemáticas es igualmente evidente. Hizo contribuciones en física y óptica. Al igual que Galileo, se unió al sistema cosmológico copernicano. El sistema de coordenadas cartesianas recibió su nombre. Se le acredita como el padre de la geometría analítica, el puente entre el álgebra y la geometría, utilizado en el descubrimiento del cálculo infinitesimal.