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1. Las mutaciones, que hacen aparecer fenotipos nuevos y, por tanto, no predecibles.
2. La presencia de genes letales, que provocan la muerte de algunos individuos modificando así las proporciones genotípicas y fenotípicas.
3. Los alelos múltiples. En los caracteres mendelianos típicos existen sólo dos alelos posibles (por ejemplo amarillo A o verde a) Pero para algunos caracteres, aunque cada individuo sólo posee dos genes, los alelos o alternativas posibles son más de dos. Un ejemplo sería la herencia del color de los ojos en la mosca del vinagre (Drosophila melanogaster)
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