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Los hongos juegan un papel fundamental en la naturaleza. Se estima que el 80% de las plantas vasculares están asociadas a hongos sin los cuales no resistirían ciertas inclemencias del tiempo, como la sequía o la falta de nutrientes en el suelo, o serían más sensibles al ataque de bacterias o insectos. Un trabajo sobre Sierra Nevada confirma que casi todos géneros vegetales (excepto las crucíferas y leguminosas) están asociados a hongos del género Glomus, Acaulospora, Scutellospora, etc. que les ayudan a soportar las enormes diferencias térmicas y la sequía.
Estas interacciones entre organismos también son vitales para los propios hongos: posiblemente haya hongos que no den frutos si no están asociados a bacterias.
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