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Predomina la selva prácticamente en 90% de la entidad, se extrae madera como caoba y cedro rojo. Le sigue en importancia la vegetación acuática, cuya superficie se ha reducido por los asentamientos humanos. Los manglares y tulares se sitúan principalmente en toda la costa de la entidad junto con las dunas.
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Existen tres niveles de biodiversidad que están interrelacionados entre sí:
Genética: diversidad dentro de las especies.
Especies: diversidad entre especies.
Ecosistema: diversidad de los ecosistemas dónde habitan las especies.
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