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La detención y persecución de muchos miembros del Congreso, sin embargo, no hizo más que unir a la oposición republicana y borbónica. Por otra parte, el giro absolutista de Iturbide no contribuía a mejorar las relaciones con España, cuyo gobierno liberal había desautorizado la actuación del virrey O'Donojú y se negaba a reconocer la independencia; en noviembre, las Cortes españolas declararon nulo el tratado de Córdoba, agitando el fantasma de la involución.
En esa tesitura, el gobernador de Veracruz, Antonio López de Santa Anna, intentó infructuosamente apoderarse del castillo de San Juan de Ulúa, último reducto español. Iturbide cesó en sus funciones a Santa Anna por este fracaso, y la reacción no se hizo esperar: Santa Anna proclamó la República (diciembre de 1822), e inmediatamente recibió el apoyo de otros generales, e incluso de las tropas que en principio debían acabar con la revuelta.
En marzo de 1823, Iturbide se vio obligado a abdicar. Se exilió en Europa y un año después volvió a su país, ignorando que el Congreso mexicano lo había declarado traidor. Detenido a su llegada, el forjador de la independencia fue fusilado por soldados compatriotas a los cuarenta y un años de edad. Tardaría años en ser reconocido como padre de la patria; en 1838, bajo la presidencia de Anastasio Bustamante, sus restos fueron inhumados con honores en la Capilla de San Felipe de Jesús de la catedral capitalina.