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Su gobierno fue paternalista, en el sentido de que gobernó sin consultar al pueblo, pero en beneficio de este. Gobernaba desde Concepción del Uruguay o desde su campamento militar de Calá. En varios sentidos fue muy similar a Rosas y a otros caudillos de la época. Protegió a la ganadería, favoreció la instalación de saladeros de carne vacuna, hizo exigir la papeleta de conchabo a todos los peones rurales, mejoró los caminos y los puertos, instaló molinos de agua, y ayudó al establecimiento de pequeñas industrias. Ejerció un poder de policía muy eficaz, pero muy cruel, ya que a la menor falta, los delincuentes eran sencillamente ejecutados.
Ordenó llevar la contabilidad con una precisión desconocida hasta entonces. Impuso un control fiscal estricto, y una dedicación intensa a los funcionarios y empleados; redujo el gasto público sin descuidar las funciones del estado, e hizo publicar mes por mes los gastos e ingresos por la prensa.
Su principal preocupación fue la educación; extendió las escuelas primarias que había fundado su antecesor y fundó nuevas escuelas secundarias, públicas y modernas. La primera que fundó fue la de Paraná, dirigida por Manuel Erausquin. Tras una serie de conflictos con el gobierno de esa ciudad, el cuerpo de profesores pasó al otro colegio fundado por Urquiza, el actual Colegio Nacional de Concepción del Uruguay. Tendría un gran auge durante el tiempo en que Buenos Aires se separara de la Confederación, bajo la dirección de Alberto Larroque, que lo transformó en el colegio secundario más moderno de su época, y por muchos años compitió en prestigio con el de Buenos Aires y el de Córdoba.
Se llegaron a publicar tres periódicos simultáneamente; se fundaron teatros, escuelas secundarias de mujeres, bibliotecas públicas, etc. Llamó a su provincia a varios emigrados ilustres, sobre todo a federales antirrosistas, como Pedro Ferré, Manuel Leiva y Nicasio Oroño, pero también a unitarios como Marcos Sastre y otros. El ambiente que se respiraba en la provincia era mucho más libre que el de Buenos Aires u otras ciudades del interior.
El ambiente de libertad, que tanto contrastaba con el de Buenos Aires, llamó la atención de los emigrados y unitarios. Muchos, como Sarmiento o el general Paz, comenzaron a pensar que Urquiza sería el elegido por la historia para convocar un congreso constituyente y derrocar a Rosas.