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La principal objeción que los creacionistas presentan a la teoría de la evolución es que se trata de una teoría y no un hecho (Ham, 2007). Con esto alegan que la evolución nunca ha sido observada directamente y que, por lo tanto, nunca ha podido ser verificada y, más aún, no existe la posibilidad de ser refutada (Morris, 1985). Así, a juicio de los creacionistas, la evolución es apenas una teoría sin respaldo empírico y nunca podrá ser un hecho constatado, pues no existe la posibilidad de observar directamente un evento de especiación. Inclusive, el filósofo de la ciencia Karl Popper (2002) llegó a considerar en una época (luego cambiaría de opinión) que la teoría de la evolución no es científica, pues no existe la posibilidad ni de verificarla ni de refutarla.
A esta objeción se pueden presentar varias respuestas. En primer lugar, debe reconocerse que, en efecto, la evolución es una teoría. Una teoría es el aglomerado de ideas que explican hechos empíricos. Todo científico conoce que los datos, por sí solos, no tienen capacidad explicativa. Para ello, es menester la articulación de un esquema racional que explique la relación entre los datos recogidos. Este esquema es a lo que se denomina una teoría. La teoría de la evolución viene a ser, entonces, el mejor esquema racional para explicar la evidencia encontrada. Si, como hizo Darwin, se opera en función de un silogismo, habrá de admitirse que tomando a la herencia, la variabilidad y la sobrepoblación como premisas, no pareciera haber otra conclusión racional que no sea la evolución de las especies por selección natural. Y una vez que se ha concluido que, en base a los datos observados, la evolución es la explicación más racional, ésta pasa de ser una mera teoría, a convertirse en un hecho.
Aún si se concediere que la evolución nunca ha sido observada directamente (cuestión que, como se verá, ni siquiera es verdadera), ello no implica que la teoría de la evolución no tenga validez científica, pues la teoría de la evolución opera como un detective que, frente a la evidencia que encuentra en la escena del crimen, reconstruye los hechos y presenta el escenario más plausible. Si la ciencia dependiese exclusivamente de la observación directa, no podría haber elaborado los grandes descubrimientos que hoy asumimos como hechos. La inferencia lógica es el gran complemento sin el cual la mera observación empírica no podría convertirse en ciencia.