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El origen de la Universidad Central se sustenta en tres instituciones educacionales célebres de la historia colonial del Ecuador: el Seminario de “San Luis” y las Universidades “San Gregorio Magno”, de los Jesuitas y “Santo Tomás de Aquino”, de los dominicos, respectivamente. El tronco original puede considerarse el Seminario, donde luego de algún tiempo los miembros de la Compañía de Jesús crearon la Universidad Gregoriana.
El arribo de los jesuitas a Quito en 1586 dio notorio impulso a la educación, aunque para entonces ya existía el Seminario Mayor de Quito y el Colegio Real de “San Fernando”, de los dominicos.
Fue excelente la instrucción impartida por el Seminario Jesuita de “San Luis”: las Humanidades y la Filosofía se difundieron con amplitud y las lenguas clásicas florecieron.
Pese al indiscutible valor de la educación allí impartida, el Seminario no tuvo atribuciones para conferir títulos de Bachiller, Licenciado, Maestro o Doctor sino hasta 1622, con lo que se creó la Universidad de Quito, llamándola Real y Pontificia Universidad de “San Gregorio Magno”. Esta decisión se oficializó recién el 19 de mayo de 1651, año que aparece en el escudo institucional.
Para la expulsión de los integrantes de esa Orden en 1767, la Universidad de “San Gregorio” continuó con una vida artificial hasta 1769, en que fue clausurada por Carlos III , para luego realizarse una refundación con la de “Santo Tomás de Aquino”. Esta había sido fundada por los dominicos en 1688.
Tanto la Universidad de “San Gregorio” como la de “Santo Tomás” fueron privadas, mientras que la que resultó de estas dos, la Central, es de origen estatal.
La Junta de Temporalidades en el año 1776 suprimió la Universidad de “San Gregorio” y diez años más tarde (1786) se declaró secularizada la de “Santo Tomás de Aquino”. El 26 de octubre de 1787 entró en vigencia en Estatuto de la “Real Universidad de Santo Tomás de la ciudad de Quito”.