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En la primera parte del siglo XIX, bastantes naturalistas tales como Louis Agassiz, Georges Cuvier y Alcide D'Orbigny eran partidarios de varias extinciones y creaciones sucesivas. El catastrofismo de estos naturalistas trataba de integrar y conciliar los descubrimientos científicos de la Geología con las doctrinas bíblicas. Ahora bien, los nuevos datos ponían de manifiesto que la Tierra se había formado mucho antes de los 4.004 años antes de Cristo que había establecido el arzobispo Usher. Sin embargo, al contrario de los fundamentalistas actuales, el Diluvio no era considerado por los catastrofistas como el responsable de todos los fósiles, siendo éstos atribuidos a catástrofes precedentes, ni era considerado como el paradigma explicativo de las ciencias de la Tierra. El catastrofismo fue sustituido por el gradualismo de James Hutton (actualismo) y Charles Lyell (uniformitarismo) a mediados del siglo XIX. El paradigma de la Geología emergente ponía en tela de juicio algunas "verdades" de fe, como la del Diluvio universal, la creación de todas las especies animales directamente por Dios y por ello la del Hombre a partir del barro, todo lo cual provocó una confrontación entre la Geología y la fe (Sequeiros, 1997). Charles Lyell puso la base para destronar la Geología bíblica, que intentaba interpretar los procesos de la Tierra desde los presupuestos religiosos, lo cual ayudó mucho a Charles Darwin para descubrir el mecanismo de la selección natural en el proceso de transformación de las especies, surgiendo así la teoría de la evolución que tan generalizada aceptación ha tenido en el mundo científico. Resulta paradójico que Lyell no la aceptara hasta el final de su vida habiendo sido uno de los pilares en que se basó Darwin. En tiempos de Darwin se conocían pocos fósiles y los científicos no se pudieron apoyar mucho en la Paleontología para corroborar el proceso evolutivo, hasta que Simpson puso de manifiesto el valor de los fósiles para documentar la teoría sintética de la evolución. Así pues, la controversia que generó la publicación de El origen de las especies no fue algo nuevo (Gillispie, 1996), ya que descubrimientos anteriores de la Geología habían representado mayores desafíos a la interpretación literal del libro del Génesis.
La aceptación de la teoría de la evolución en la sociedad nunca fue tan generalizada como en el mundo científico, especialmente en EE UU donde el creacionismo antievolucionista se desarrolló con más fuerza y es donde existen más precedentes del creacionismo "científico". A finales del siglo XIX, algunos prestigiosos científicos americanos aún se oponían a la evolución. Algunos, como el geólogo James D. Dana, a pesar de ser defensores del evolucionismo eran partidarios de una creación particular para el Hombre y de la equiparación de día y era geológica. Además, el naturalista de Princeton Arnold Guyot y el geólogo canadiense John W. Dawson no sólo eran partidarios de la equiparación entre día y era, sino que A. Guyot publicó en 1884 su obra titulada: Creation or the Biblical Cosmogony in the light of Modern Science, tratando de armonizar la Ciencia y la Biblia e invocando creaciones particulares para la materia, la vida y el Hombre.