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Respuesta: En 546 a. C. el rey Creso de Lidia fue derrotado por el rey persa Ciro, pasando desde entonces su reino y las ciudades griegas a formar parte del Imperio persa. Darío I, sucesor de Ciro, gobernó las ciudades griegas con tacto pero apoyó el desarrollo comercial de los fenicios, que formaban parte de su imperio desde antes, y que eran rivales tradicionales de los griegos. Además, los jonios sufrieron duros golpes, como la conquista de su floreciente suburbio de Naucratis, en Egipto, la conquista de Bizancio, llave del mar Negro, y la caída de Síbaris, uno de sus mayores mercados de tejidos y un punto de apoyo vital para el comercio.
De estas acciones se derivó un resentimiento contra el opresor persa. El ambicioso tirano de Mileto, Aristágoras, aprovechó este sentimiento para movilizar a las ciudades jónicas contra el Imperio persa, en el año 499 a. C. Aristágoras pidió ayuda a las metrópolis de la Hélade, pero solo Atenas, que envió veinte barcos y Eretria con cinco naves, acudieron en su ayuda. El ejército griego se dirigió a Sardes, capital de la satrapía persa de Lidia, y la redujo a cenizas, mientras que la flota recuperaba Bizancio. Darío I, por su parte, envió un ejército que destruyó al ejército griego en Éfeso y hundió la flota helena en la batalla naval de Lade.
Tras sofocar la rebelión, los persas reconquistaron una tras otra las ciudades jonias y, después de un largo asedio, arrasaron Mileto. Murió en combate la mayor parte de la población, y los supervivientes fueron esclavizados y deportados a Mesopotamia. De esta manera terminó la escuela de Mileto aunque su filosofía se extendió por todas las ciudades de Jonia.