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Básicamente se fijaban en la morfología como puedes ver en el sistema de Carlos Linneo, el primer critico a ese sistema fue Georges-Louis Leclerc de Buffon que consideraba otros aspectos como la anatomía o etología, además planteaba el problema de los híbridos y lo que él llamaba "especies perdidas" (fósiles).
Actualmente se sigue utilizando la nomenclatura de Linneo pero usan el árbol de la vida de Charles Darwin, donde se busca no solo clasificar especies si no establecer relaciones entre ellos.
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