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Desde la caída de Roma en manos de los godos (476 d.C.) y hasta el siglo XV, en el mundo occidental, la superstición impidió la realización de estudios serios de anatomía y patología quirúrgica. Prevalecía el concepto de Galeno del "laudable pus", encontrar una sustancia milagrosa para prevenir la infección e inducir la curación. Su dogmatismo perduró durante siglos al amparo del oscurantismo en que se vio sumido el mundo occidental tras la caída del Imperio Romano.
En la baja Edad Media, los monasterios recogieron y transmitieron conocimientos con la veneración por lo antiguo y el desinterés o alejamiento de la realidad. Sin embargo, su labor permitió la supervivencia de un cuerpo doctrinal en Occidente. La terapéutica abandonó los incipientes criterios científicos y volvió a las simplificaciones de la medicina popular y a las interpretaciones sobrenaturales. La influencia del cristianismo otorgó a la medicina un importante componente de misticismo religioso. Por otra parte, la asociación de los primeros hospitales cristianos de beneficencia y el desarrollo de las órdenes monásticas permitió que los monasterios asumieran parte de la asistencia médica de occidente. Paralelamente, la práctica de la cirugía se devaluó, siendo ejercida por profanos, iletrados y charlatanes. Así, los curanderos germánicos daban masajes, reducían luxaciones y fracturas y curaban heridas.
No fue hasta el siglo XII cuando Europa comenzó a despertar gradualmente de su edad oscura. Empezaron a fundarse universidades y hospitales, la disección humana se reanudó y los importantes textos griegos comenzaron a traducirse del árabe al latín. Sin embargo, hasta el siglo XVI, todos los avances se realizaron a la sombra de Hipócrates. Los primeros hospitales de la época medieval surgieron en Bizancio. De ellos, el más importante fue el de Constantinopla, fundado en el siglo XII, y que de un total de 50 camas dedicaba 10 a pacientes quirúrgicos.
En confluencia con el mundo árabe, se organizaron en torno al Mediterráneo algunos centros de excepción en los que el saber médico era transmitido. La Escuela de Salerno, o la de Montpellier, comenzaron el desarrollo de la enseñanza médica organizada, recibiendo influencias desde el mundo islámico.
En el siglo XI, desde la Escuela de Salerno, Constantino el Africano (1010-1087) es el principal difusor de los conocimientos islámicos, gracias a las traducciones de sus textos.
El primer tratado medieval de cirugía fue la "Practica chirurgiae" de Ruggero Frugardi (1170), figura de la escuela de Salerno, que se ocupó principalmente del tratamiento de las heridas, aunque también describe algunas intervenciones y técnicas para la reducción de distintas luxaciones. En el año 1140 Rogerio II de Sicilia impuso la necesidad de superar un examen a todos aquellos que pretendiesen ejercer la medicina. Federico II en 1224, mandó que el examen fuese realizado de forma pública por el equipo de maestros de Salerno, exigiendo para la práctica de la medicina un periodo de formación teórico (que incluía cinco años de medicina y cirugía) y un periodo práctico de un año (figura 6: detalle de manuscrito del siglo XIII que muestra el tratamiento de varias heridas en la Escuela de Salerno, British Library, Londres).
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