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Ventajas
Se suele argumentar que la simple existencia de este instrumento actúa como un contrapeso a las funciones de la legislatura. Esto debido a que es más probable que los legisladores introduzcan ciertas reformas o medidas en caso de que existan estos mecanismos, porque de no hacerlo, es probable que se active una iniciativa sobre el tema en cuestión. Un ejemplo que han mostrado las investigaciones en los Estados Unidos es que, es más probable que los estados que cuentan con este tipo de mecanismos promuevan reformas a las políticas públicas (por ejemplo, límites a la duración de los cargos o controles sobre el financiamiento de campañas) que aquellos que no los contemplan. Otro indicador de ello es el número de iniciativas que se proponen y luego se retiran en Suiza, porque la simple presentación de una iniciativa ha provocado que la legislatura lo atienda. Por ello, se afirma que el proceso de iniciativa ciudadana hace que las legislaturas sean más responsables y sensibles las demandas de la ciudadanía.
Desventajas
Una de las desventajas que más a menudo se le imputan a las iniciativas ciudadanas es que se traducen en leyes más elaboradas, toda vez que (salvo en el caso de las iniciativas indirectas) el texto inicial de la medida propuesta termina siendo definitivo si la medida se aprueba. Se argumenta que el hecho de no utilizar el conocimiento y experiencia de que disponen los abogados del gobierno que están familiarizados con el procedimiento para la elaboración de leyes provoca que las medidas aprobadas resulten poco efectivas o tengan que ser reformuladas debido a que las personas que intervinieron en su formulación no cuentan con la experiencia necesaria para ello. Además, se ha encontrado que en algunos casos las legislaciones derivadas de los procesos de iniciativa son inconstitucionales.
Una desventaja adicional tiene que ver con el gran número y complejidad de los asuntos sobre los que se espera que el electorado se manifieste. Se sostiene que es imposible para los electores tomar una decisión informada cuando hay demasiadas iniciativas en la papeleta. Un argumento conexo es que no se puede esperar que los ciudadanos tomen decisiones sobre temas complejos sobre los que, a diferencia de los representantes popularmente elegidos, no tienen tiempo de conocer a profundidad. Otra crítica frecuente es que las iniciativas ciudadanas sólo son realmente accesibles para organizaciones e intereses que cuentan con un buen financiamiento, por lo que el proceso termina siendo rehén de grupos de interés que promueven sus propias agendas.
La evidencia empírica respecto al existencia de grupos de interés bien financiado es mixta: algunas investigaciones han encontrado que el dinero en realidad no tiene un efecto importante en el resultado de las iniciativas ciudadanas, mientras que otros han destacado la influencia que tiene el dinero, en especial para derrotar a algunas propuestas. Sin embargo, es difícil poner en duda la importancia que pueden tener compañías profesionales en la etapa inicial de un proceso, sobre todo para la reunión de firmas de adhesión.
Una crítica común a las iniciativas ciudadanas (y a otras formas de democracia directa) es que permiten la “tiranía de la mayoría”. Este término hace referencia al hecho de que el poder electoral de los grupos mayoritarios de la sociedad se puede utilizar para restringir o anular los derechos de los grupos minoritarios. Los críticos argumentan que sin la influencia moderadora de la legislatura se podrían aprobar leyes capaces de afectar los derechos de los grupos minoritarios de la sociedad. Sin embargo, las investigaciones realizadas en Estados Unidos han generado distintas conclusiones relacionadas con la capacidad que tienen las iniciativas de restringir los derechos de las minorías.