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Sin embargo, a pesar de las ventajas que pueden aportar para quien los consume, muchos expertos y organizaciones se oponen a la comercialización de los alimentos transgénicos, principalmente por los daños al medio ambiente y a la salud que estos pueden causar, entre ellos:
1. Incremento de sustancias tóxicas en el ambiente.
2. Perdida de la biodiversidad.
3. Contaminación del suelo.
4. Resistencia de los insectos y hierbas indeseadas ante medicamentos desarrollados para su contención.
5. Posibles intoxicaciones debido a alergias o intolerancia a los alimentos procesados.
6. Daños irreversibles e imprevesibles a plantas y animales tratados
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