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Los ecosistemas acuáticos (continentales y marinos) constituyen la fuente de alimentos consumidos por los seres humanos que presenta mayor biodiversidad. Se incluyen aquí las plantas vasculares y las algas, además de animales como los crustáceos, moluscos, reptiles, anfibios y peces de escama. Los ecosistemas de agua dulce ocupan solamente en torno al 1 % de la superficie terrestre, pero proporcionan un hábitat a más del 40 % (13 000) de las especies de peces de agua dulce de todo el mundo. Otras 2 000 especies de peces pueden vivir también en aguas salobres.
Las regiones neotropicales contienen los niveles más elevados de biodiversidad de peces, y las zonas de anegamiento, ríos y humedales tropicales y subtropicales son las ecorregiones con niveles más altos de biodiversidad. Los campos de arroz son una importante fuente de biodiversidad; viven en ellos más de 200 especies de peces, insectos, crustáceos, moluscos, reptiles, anfibios y plantas (además del arroz) que son utilizados por las comunidades locales.
Muchas especies de agua dulce son importantes para la industria de la acuicultura como fuente de reproductores para desove y de ejemplares en fases tempranas del ciclo vital (por ejemplo, huevos y larvas) destinados a la cría. Las especies acuáticas no autóctonas pueden contribuir de manera significativa a la producción y el valor de la pesca continental y la acuicultura.