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Las principales amenazas a la biodiversidad son el cambio climático, la pérdida y degradación de ecosistemas, la deforestación y fragmentación de hábitats, la caza y sobre explotación de recursos, el tráfico de especies, la proliferación de especies invasoras, la contaminación, la minería, la introducción de patógenos y la expansión urbana.
El régimen climático global y las condiciones ambientales se han modificado generando cambios en la interacción entre especies y en su distribución geográfica, que alteran las reproducciones, las migraciones y el tamaño de las poblaciones y producen un aumento en la frecuencia de plagas y enfermedades.
La deforestación genera la fragmentación de los ecosistemas y la pérdida del hábitat natural, afecta la estabilidad de los suelos, aumenta la erosión, los deslizamientos de tierras y la sedimentación en los ríos.
La contaminación del aire, el agua y el suelo constituye un problema global para la sobrevivencia de las especies.
El comercio y el tráfico ilegales de flora y fauna silvestre produce un enorme impacto en las especies que se encuentran al borde de la extinción.
La urbanización modifica los ambientes naturales, afecta los ecosistemas, su fauna y su flora y produce enormes cantidades de desperdicios.