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El gobierno y la prensa de principios del siglo XX llamaron "magonistas" a quienes compartían las ideas de los hermanos Flores Magón para derrocar el régimen dictatorial de Porfirio Díaz y realizar una revolución de carácter económico no sólo político, ya fuera que militaran en alguna organización y participaran en actos de agitación y rebelión o fueran sólo simpatizantes.
El combate a la tiranía alentado por los Flores Magón contravenía el discurso oficial de la "Paz Porfiriana" por lo cual los inconformes fueron calificados como los Revoltosos Magonistas[3] para aislarlos de toda base social y conservar la imagen de paz y progreso impuesta por la fuerza.
Tanto los Flores Magón, como los demás integrantes del PLM, rehusaron emplear el término "magonista" para referirse al movimiento libertario que impulsaban, pues consideraban que luchaban por un ideal no por encumbrar en el poder a un jefe o a un grupo, ellos se hacían llamar "liberales" ya que estaban organizados en el Partido Liberal Mexicano y más tarde "anarquistas"; el mismo Ricardo Flores Magón se refería: "¡Los miembros del partido liberal no somos magonistas, somos anarquistas!", en su obra literaria Verdugos y Víctimas, uno de los personajes responde indignado cuando es aprehendido y juzgado "No soy magonista, soy anarquista. Un anarquista no tiene ídolos".
El pensamiento magonista estuvo influenciado por filósofos anarquistas como Mijaíl Bakunin y Pierre-Joseph Proudhon y otros como Eliseo Reclus, Carlos Malato, Errico Malatesta, Anselmo Lorenzo, , Fernando Tarrida del Mármol y Max Stirner. También conocieron a la obra de Marx, Máximo Gorki y Henrik Ibsen. No obstante, puede decirse que fueron los trabajos de Piotr Kropotkin, "La conquista del pan" y "La ayuda mutua" los que más influyeron el magonismo, a la vez que se nutrió de la tradición liberal mexicana del siglo XIX y el sentido de autonomía y comunidad de los pueblos indígenas.
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Magonismo es un término usado por ciertos investigadores para identificar una corriente de pensamiento y acción precursora de la Revolución mexicana (1910), en su tiempo representada por el Partido Liberal Mexicano (PLM) influido fuertemente por las ideas anarquistas de los hermanos Enrique y Ricardo Flores Magón, junto con otros colaboradores del periódico Regeneración como Librado Rivera, Anselmo L. Figueroa y Práxedis G. Guerrero. Los magonistas como fuerza revolucionaria aspiraron a abolir el poder, no a ejercerlo; su objetivo era la autoemancipación y el autogobierno.[1]

Portada de Regeneración, con retratos de la Junta Organizadora del PLM y anarquistas europeos, 1910.
Sin embargo, la profunda y reciente investigación sobre el tema: El regreso del camarada Flores Magón (2016) del investigador chileno Claudio Lomnitz, señala que “el Partido Liberal Mexicano fue, de hecho, más un movimiento que un partido, y más una ética que un movimiento”,[2] y que, por lo tanto, “el epíteto de ‘magonista’ se entendía entre los liberales como una deliberada distorsión de la esencia de su movimiento, la cual se oponía a cualquier culto a la persona de Ricardo Flores Magón”.[2]