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Esto lo saque de un post espero que te sirva :
Para empezar, el diseño de los dos paradigmas es diferente. En una pila, el paradigma es Last-In-First-Out (LIFO). En una cola, es lo inverso: First-in-First-Out (FIFO).
Creo que para cada necesidad especifica se debe evaluar cual de los dos es el que va.
Por ejemplo, en un "scheduler", no tiene sentido utilizar el modo LIFO. Es decir, si se submite un trabajo a un scheduler, tiene mas sentido que procese el trabajo del primero en la cola. Ahora el modelo LIFO, el ejemplo mas claro es la memoria stack (pila) en la cual, antes de llamar a una function, se ponen los valores de las variables en la pila, se llama a la funcion, y luego a otra y a otra y asi sucesivamente. Cuando las funciones terminan con su ejecucion, quitan de la pila sus variables (last-in-first-out) y cuando la ejecucion vuelve a la rutina anterior los valores de variables en la pila estan en el orden que los han dejado.