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La holoenzima ha permanecido inmóvil mientras se polimerizan los primeros nucleótidos, hasta que el TFIIK fosforila el CTD, activado por el TFIIE. Tras la fosforilación, la polimerasa se libera de todos los factores de iniciación excepto la helicasa del TFIIF y comienza su avance por el DNA. En torno al elemento Inr pueden quedarse los TFII A, B y D así como otros activadores de la transcripción, listos para reiniciar otro ciclo de transcripción —esta vez más abreviado puesto que las primeras estapas no han de repetirse—.
Una actividad helicasa sigue abriendo el DNA por delante, lo que genera importantes tensiones en la molécula que se compensan por la acción de las topoisomerasas. Por detrás de la polimerasa el RNA recién sintetizado se va desapareando del DNA molde y quedando en forma de cadena sencilla de RNA. Las dos cadenas de DNA se vuelven a aparear y gracias a la asistencia de otra topoisomerasa, se rebobina de nuevo el DNA.En esta etapa intervienen al menos 16 factores de elongación cuyo mecanismo exacto se desconoce. Su función siempre parece relacionada con 3 fenómenos principales:
la eliminación de las pausas o paradas de la polimerasa. Los mejor identificados son TFIIS (antes llamado SII) que sirve para evitar que la RNA-polimerasa se detenga prematuramente, y los que alteran la Km y la Vmax de la enzima para incrementar su capacidad catalítica: ELL, CSB y SIII (elonguina).
el mantenimiento del estado fosforilado del CTD (PTEFb y otros), ya que su desfosforilación inhibe la elongación.
factores que posteriormente intervendrán en el ayuste, así como proteínas que intervienen en la remodelación de los nucleosomas durante la elongación (SWI/SNF, FACT, HMG14, elongator...), ya que sigue siendo necesario despejar el camino.