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En 1551, enviado por el gobernador y capitán general de Chile, Pedro de Valdivia, y partiendo desdeCuzco (Perú), Francisco de Villagra es el primer español en explorar la región cuyana, al mando de ciento ochenta hombres. El descubridor se relacionó de buena manera con los indios huarpes, y habiendo pasado el invierno junto a ellos, regresó a Chile. Muerto Valdivia, y a poco de haber sido destituido el propio Villagra como gobernador de Chile, el nuevo gobernador, García Hurtado de Mendoza, hijo del Virrey de Perú Andrés Hurtado de Mendoza, encomendó al capitán Pedro del Castillopara que fundara y poblara Cuyo.
El 22 de febrero de 1561, Pedro del Castillo llegó al valle de Huentota, y tomó posesión de la comarca enarbolando el estandarte real. Entre dos tormentas de arena fundó la nueva Ciudad, el 2 de marzo, denominándola Ciudad de Mendoza del Nuevo Valle de La Rioja. La ubicación inicial de Mendoza se situaba en lo que actualmente se conoce como La Media Luna en el Distrito de Pedro Molina, ubicado en el Departamento de Guaymallén, sobre la margen este del canal conocido actualmente como Cacique Guaymallén. La ciudad quedó bajo jurisdicción de la Capitanía General de Chile, aunque tanto esta Capitanía como todas las extensiones de territorio español al sur del istmo de Panamá en esa época formaban parte del Virreinato del Perú.
El 28 de marzo de 1562, fue trasladada a una distancia de dos tiros de arcabuz hacia el oeste del punto de la fundación realizada por Pedro del Castillo, situándose el nuevo emplazamiento situado unos 100 metros al oeste del canal Cacique Guaymallén, en la posición actual de la plaza Pedro del Castillo. Mediante este operativo a cargo de Juan Jufré, éste también se adjudicó el honor y el derecho a los premios monetarios de fundador de ciudades que ya habían sido cobrados porPedro del Castillo en la fundación original.