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La crisis institucional surgida en la metrópoli española, cuando Napoleón Bonaparte logró la abdicación de Carlos IV en favor Fernando VII y de este último en favor de los Bonaparte, puso de manifiesto que la Corona Española estaba perdiendo el control sobre los mares y los territorios conquistados.
Debido al naciente poder de Bonaparte, al descontento de los criollos por ser excluidos del gobierno, a los excesivos impuestos, al monopolio del comercio que desagradaba a franceses, ingleses y holandeses, surgieron las juntas fernandistas, siendo este momento el ideal para que varios líderes autonomistas e independentistas comenzaran a avivar las ansias de libertad en los territorios dominados por los españoles. Desde inicios de la colonia, pero especialmente desde que los borbones asumieron el trono de España, la administración de las colonias estaba centrada por las personas que tuvieran influencia en las cortes españolas y en la casa de contratación de Sevilla, posición que no favorecía a los súbditos nacidos en América.
El rey Carlos III, fomentó las artes y permitió un gran influjo de las ideas de la ilustración en América, mientras que ejercía un poder político fuerte. Carlos III apoyó a las colonias inglesas en su guerra de independencia, comprometiendo el fisco y promoviendo la imposición de nuevos tributos destinados a subvencionar la defensa de los intereses españoles en el Caribe. Estos hechos provocaron en los años 1780 un rompimiento de la paz hispánica que había regido a las colonias españolas desde su creación. La Insurrección de los comuneros en la Nueva Granada y la sublevación de Túpac Amaru en el Perú evidencian esta nueva realidad.
Carlos IV no se caracterizó por su férreo control del poder. Más interesado en las ciencias dejó la política en manos de sus ministros quienes, especialmente en el caso de Godoy, promovieron reformas liberales en muchos aspectos sociales mientras relegaba cada vez más a las colonias y a los súbditos en las colonias como población de segunda. La persecución sufrida por personajes como Antonio Nariño, quien había traducido la declaración de derechos humanos para distribuirla en Santa Fe y el poco caso hecho a Camilo Torres quien había publicado una serie de cartas agrupadas como el Memorial de Agravios, aumentaron el descontento de los criollos en materia política. Por otro lado, España imponía una serie de restricciones comerciales en las colonias, las cuales no podían comerciar entre sí y mucho menos comerciar con otras naciones como el Reino Unido o los Estados Unidos. Todas las relaciones comerciales eran decididas desde España. El influjo de ideas liberales y las restricciones políticas y comerciales, crearon el descontento que fue menguado por la crisis institucional española de 1809.