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El apareamiento de bases se refiere a la interacción entre bases nitrogenadas que da origen a las formas hibridadas o plegadas de los ácidos nucleicos, tanto el ADN como el ARN. Las interacciones entre las bases se dan a través de puentes de hidrógeno entre regiones específicas. El primer patrón de apareamiento modelado por Watson y Crick describe la interacción G-C(guanina-citosina), A-T(adenina-timina) y como consecuencia la estructura de doble hélice del ADN. El carácter complementario de este apareamiento proporciona también un mecanismo de replicación y transcripción: procesos esenciales en la transferencia y el procesamiento de la información genética.
El apareamiento de bases puede ser intermolecular o intramolecular. Las bases de una hebra de ADN se aparean intermolecularmente con bases de su hebra complementaria, mientras que en los ARN de cadena sencilla el apareamiento se da intramolecularmente entre regiones complementarias cercanas dentro de la misma hebra.
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