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La gran barrera natural de los Andes ha dificultado la migración de las especies que habitan este lugar, generando la permanencia de la fauna y flora endémicas de Chile. Las especies que habitan sistemas montañosos presentan por lo general un alto nivel de adaptación exclusiva al ambiente logrando sobrevivir contra todo pronóstico, generando ecosistemas de una riqueza única en el planeta.
Si bien sobre los 6000 m desaparece la vida, por sobre los 3500 m la región Altiplánica Andina aloja formaciones vegetacionales compuestas por varias especies conocidas como Tolar (arbustos), Pradera Andina Perenne (arbustos enanos y pajonales) y Bofedal (cojines verdes de hierbas enanas en zonas húmedas), las cuales son plantas perfectamente adaptadas al clima que presenta grandes diferencias de temperatura entre el día y la noche, períodos muy secos, fuertes lluvias y nevazones en el Invierno Altiplánico, especies que permiten la subsistencia de animales adaptados a estas condiciones. Los mamíferos, en tanto, sortean el frío con un pelaje exquisitamente térmico.
Dentro de los fascinantes animales que se pueden observar en estos parajes están el Flamenco Chileno, la Chinchilla de Cola Corta, el Lauchón de la Puna, el Puma y el Gato Montés Andino y los cuatro camélidos sudamericanos.
La región Altoandina, característica de las altas montañas de nuestros Andes, agrupa los tipos vegetacionales y comunidades de especies que viven por sobre los 4500 m. Siendo las condiciones reinantes de gran adversidad,como temperaturas promedio de 0ºC, baja concentración de oxígeno, precipitaciones en forma de nieve o granizo (lo que para las plantas significa escasez de agua) y alta exposición al viento, por lo que el tipo de vegetación es mayoritariamente pajonal y sobre alguno que otro suelo húmedo aún es posible ver algunos bofedales. La vegetación disminuye de tamaño a medida que aumenta la altura por ejemplo, sobre los 3000 m las plantas no sobrepasan los 5 cm, y por lo general son especies rastreras, además, las especies cambian según la latitud.
Vegetación autóctona: robles, quillayes, boldos, peumos, litre, lingues, Lucuma queule y canelos, el ciprés de la cordillera, la quiaca, el peumo, el cactus rojo, la cola de caballo, entre otras. Cabe mencionar la llareta, que es una planta tan compacta que semeja una roca verde; su lento crecimiento forma pequeñas hojas resinosas muy duras, que impiden al máximo la pérdida de agua y le permiten adaptarse totalmente a la sequedad del ambiente y la queñoa, un árbol retorcido que puede alcanzar una altura de hasta tres metros y es inconfundible por su ramificación fuerte y apretada, por sus hojas cubiertas de resina. Es uno de los árboles que crece a mayor altitud en el mundo, pudiéndosele encontrar en bosquetes de quebradas hasta los 4700 m. La queñoa está presente principalmente en Los Andes de la Primera y Segunda Región, mientras que la llareta llega hasta Los Andes Centrales.
Dentro de la vegetación introducida cabe mencionar al eucalipto delegatensis, al eucalipto nitens, el espino , entre otros.
Por otro lado, la fauna en el interior de la cordillera presentaba características propias. Las especies animales del altiplano han desarrollado una gran capacidad de adaptación a las condiciones ambientales adversas de la zona, Los más característicos del altiplano son los camélidos sudamericanos como la llama, la vicuña, la alpaca y el guanaco, estos mamíferos producen una gran cantidad de glóbulos rojos en la sangre como adaptación a la altitud. En el Altiplano (sobre los 3.500 msnm) la influencia del clima tropical boliviano produce fuertes lluvias en verano, posibilitando la presencia de abundantes especies animales y la existencia de la mayoría de la especies de aves. Hacia la zona central abundan una gran variedad de roedores, algunas especies que habitan en la alta montaña son: el cóndor, la dormilona, los cururos, los ñandúes, el halcón peregrino, el zorro culpeo, la vizcacha, algunas culebras y varias especies de lagartijas y anfibios. De los animales nativos de la región, el puma, el cóndor y los loros tricahues, son algunos de los que se encuentran en peligro de extinción. De las especies que habitan la alta montaña chilena cabe destacara al cóndor, el cóndor es miembro de la Familia Cathartidae, es una especie carroñera, la palabra cóndor se deriva de la palabra quechua cúntur, que significa "ave de rapiña". Estas aves habitan en lugares donde se presentan vientos o corrientes ascendentes de aire caliente razonablemente confiables para volar alto. Estos sitios le proporcionan un ambiente suficientemente despejado como para descubrir y llegar a las fuentes de alimento y suministros adecuados de carroña.
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