En el gobierno de Francisco Robles se desencadenó una crisis nacional por tres razones principales:
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Respuesta:
En 1858, Robles, sufriendo gran oposición en Quito, trasladó la capital a Riobamba el 4 de noviembre y el 12 de enero a Guayaquil para defenderla de la ofensiva peruana.
En los siguientes meses, hubo mediaciones internacionales por parte de Nueva Granada, Chile y el Cauca, los cuales proponian la partición del Ecuador a favor de Perú, mientras que en abril de 1859, Tomás Maldonado, comandante de la División de Artillera de Guayaquil apresó a Robles y a Urbina, pero fueron liberados por Guillermo Franco Herrera.4
En mayo de se año, el país se empezó a desmembrar. Quito desconoció a Robles por el traslado de la capital, formando un Gobierno Provisorio formado por Gabriel García Moreno, Jerónimo Carrión y Pacífico Chiriboga, el cual fue derrotado al mes siguientes por Urbina, teniendo García Moreno que huir a Perú, obteniendo ayuda por parte del Presidente de ese país. El 6 de mayo, Jerónimo Carrión se proclamó Presidente de la República en Cuenca, pero fue derrotado un día después.
En julio, García Moreno, denominándose a sí mismo Jefe Supremo de la República, regresó a Guayaquil, proponiéndole a Guillermo Franco desconocer a Robles y convocar a elecciones, aceptándolo, nombrándose Jefe Supremo de Guayaquil. Robles en respuesta, trasladó la capital a Riobamba y le declaró la guerra, esperando a Urbina para atacarlo, pero este no llegó, por lo que el Presidente se trasladó a Babahoyo. Mientras tanto, Rafael Carvajal, miembro del vencido Gobierno Provisorio de Quito, regresó de su exilio a Colombia y atacó el norte del país. El 31 de agosto, Robles renuncia a la Presidencia de la República
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