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Su privilegiada posición geográfica entre los continentes africano y europeo, así como su proximidad a la zona de encuentro entre el Atlántico y el Mediterráneo hacen que tenga condiciones climáticas excepcionales. En él se desarrollan diferentes ecosistemas que permiten la existencia y convivencia de una riquísima biodiversidad que pernocta en él todo el año, o lo usa como escala obligatoria en las diferentes rutas migratorias.
En este sentido, es el grupo de las aves el más importante y también numeroso de sus visitantes. Se han identificado más de 300 especies de aves en el territorio que han llegado a contabilizar los más de 200.000 ejemplares, de los cuales unas 130 especies se reproducen en el parque. La mayor parte de estas aves (africanas y europeas) son acuáticas y aprovechan las extensas marismas para desarrollar sus actividades.
Pero además de las aves, el tesoro de Doñana cuenta con 21 especies de reptiles, 11 de anfibios y 20 de especies de peces de agua dulce, pero entre los invertebrados las cifras son descomunalmente mayores y aún quedan por catalogar miles de arañas, anélidos, crustáceos y muchas otras criaturas. Entre los mamíferos, un grupo tradicionalmente bastante amenazado en Europa, cuenta con 37 especies diferentes.