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Debido al derecho incaico, tenía que ser reconocido como auqui (príncipe) por las panacas reales del Cuzco para poder ser Sapa Inca. Para cumplir este indispensable requisito, Túpac Yupanqui, que se hallaba en la conquista de Quito, se trasladó con la familia real al Cuzco. Se dice que a la vuelta de ambos Pachacútec seguía con vida y salió al encuentro de ellos para conocer a su nieto.
Parece que el muchacho causó tan buena impresión al anciano y por ello éste pidió que el menor dirija la carga del ejército incaico a la fortaleza de Sacsayhuamán, un acto ritual. Se cuenta que el príncipe hizo tan bien la faena que Pachacútec lo convirtió en su favorito y ello cimentó su futuro encumbramiento como Inca.
Túpac Yupanqui habría nombrado como su sucesor a Capac Huari, pero finalmente se habría decidido por Huayna Capac provocando así la ira de Chuqui Ocllo, madre de Capac Huari. Este hecho parece haber sido el detonante que impulsó a Chuqui Ocllo a envenenar a Túpac Yupanqui. Más tarde ésta declaró que Túpac Inca había cambiado de opinión recién cuando estaba moribundo y con la razón perdida.
Ante este hecho, Huaman Achachi, un general fiel a Túpac Yupanqui (y hermano suyo) ocultó a Huayna Capac y después de muchos pleitos y la enérgica protesta de Mama Ocllo (madre de Huayna Capac) condenaron a Chuqui Ocllo y sus cómplices a la pena de muerte.
En cuanto al pequeño Capac Huari, no se le hizo ningún daño debido a su inocencia. Sin embargo, se lo desterró a un lugar apartado bajo la vigilancia de personas de la confianza de Huaman Achachi.
Huayna Cápac, ya declarado sucesor de Túpac Yupanqui, tuvo como Regente a su tío Apo Huallpaya hasta que alcance su mayoría de edad. Más tarde Apo Huallpaya propuso a su hijo al trono argumentando que Huayna Cápac era incapaz para el cargo, Huamán Achachi supo que además Apo Huallpaya tenía intenciones de matar al joven monarca. Apo Huallpaya y su hijo fueron sentenciados a muerte por traición
Guerras de Huayna CápacDespués de aprobar el huarachico (rito de iniciación viril), Huayna Cápac recibió la mascaypacha roja, máximo símbolo del poder incaico. Su gobierno se concentró en los esfuerzos por consolidar el dominio inca en todas las regiones del imperio. En ese sentido realizó diversas campañas para debelar las rebeliones que provocaron muchos curacas.
En el Chinchaysuyo dirigió personalmente la represión a los huancas, cañaris, huancavilcas, chonos y punaeños. También aplastó la rebelión de los Chachapoyas, y en el extremo norte anexó hasta el río Ancasmayo, en tierras de los pastos de Colombia. Con esto alcanzó los máximos límites que tuvo el Tahuantinsuyo.
Teniendo como base de operaciones a la llaqta de Tumibamaba, dirigió campañas contra los tallanes, tumpis, cayambes y carangues. Al enterarse de otras rebeliones en el Collasuyo envió a su general Yasca para debelarlas y hacer construir fortalezas en la frontera con los belicosos chiriguanas (guaraníes).
Obras administrativasEste inca puso especial interés en fortalecer la presencia inca en el norte por lo que engrandeció Tumibamba y Quito, llevó mitimaes cusqueños de alto rango, y mantuvo un gran ejército en la región con sus fieles generales Quis Quis, Calcuchímac y Rumiñahui. También amplió el cápac ñan o red vial, y se preocupó por mantener con buenas reservas todas las colcas y tambos del imperio.
Las crónicas le atribuyen la implantación del sistema de pinacuna o piñas, conviertiendo en “esclavos” a ciertos grupos rebeldes para enviarlos a los duros trabajos en los cocales de la selva alta.
Llegada de los españolesEn 1527, mientras residía en Tumibamba, Huayna Cápac escuchó noticias de la presencia de individuos con grandes barbas y extraños vestidos que llegaban por el mar navegando en gigantes “casas de madera” . Se trataba de los españoles que venían en el segundo viaje de Francisco Pizarro. El Inca pidió más noticias sobre ellos, pero los barbudos de pronto dejaron de ser vistos.
MuerteEn la ciudad del Cusco ejercía como Inca Rantin su hijo Topa Cusi Huallpa (Huáscar), el que también había sido elegido como el Hatun Auqui oficial. Sin embargo cuando el Sapa Inca estaba por morir por una extraña epidemia (posiblemente viruela), cambió su decisión nombrando como nuevo sucesor a su hijo Ninan Coyuchi, quien falleció por la misma enfermedad sin haber asumido el mando. Los familiares del Sapa Inca muerto formaron el ayllu llamado Tumipampa Panaca.