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En las décadas subsiguientes --con excepción de ciertas medidas transitorias expedidas por Bolívar en 1828 o la ley 90 promulgada por el Estado Soberano del Cauca en 1859-- se incrementó la división de los resguardos, o sea la parcelación de las tierras indígenas y la extinción de los cabildos de indios. Con razón, Antonio García ha definido este período como de lucha contra la comunidad indígena. El resguardo, como institución colonial, fue percibido como un rezago de ese pasado ignominioso y como una muralla que impedía la expansión de la "Civilización". Prevalecieron también los intereses de hacendados y municipios, que se apropiaron, aunque con amparo legal, de las tierras de los indios.
GOBIERNO INDIRECTO Y TUTELA DE LA MISION
Con el triunfo de la Regeneración y la expedición de la Constitución de 1886, inspirada en una ideología católica e hispanista, el pasado colonial fue reivindicado y valorado positivamente, y se otorgo un rol especial a la religión católica como "elemento esencial del orden social" de la Nación.
En este contexto, se expidió la ley 89 de 1890, "Por medio de la cual se determina la manera como deben ser gobernados los salvajes que vayan reduciéndose a la vida civilizada". Aunque esta ley mantenía una percepción negativa de los pueblos indígenas --como "semicivilizados" o salvajes" postuló un retorno a una política de manejo indirecto de los pueblos indígenas --al estilo colonial-- mediante el reconocimiento de sus cabildos y de sus tierras en forma colectiva, mientras que se procedía a su disolución definitiva. Los indígenas quedaron al margen de la "legislación general" de la República, bajo la tutela de las misiones católicas, y fueron considerados como "menores de edad" en lo que atañe al régimen civil y penal de la Nación.
Bajo el ámbito del Concordato, la ley 89 mencionada y los convenios de misiones de 1903 y 1928, se reorganizó el país en diversos Territorios de Misiones y se convocó a diversas órdenes religiosas católicas --en su mayoría españolas-- para promover la Civilización (entendida como la enseñanza de la moral cristiana y la occidentalización de su cultura) de los indios. Los misioneros tuvieron bajo su control la educación primaria para varones en el territorio de su jurisdicción y se constituyeron en poderosas organizaciones a través de las cuales el Estado hacía presencia en gran parte del territorio nacional. Esta tendencia prosiguió a lo largo del siglo XX; en 1953 se firmó un nuevo Convenio de Misiones, que daba potestades similares a las diversas órdenes misioneras (organizadas en 11 vicariatos y 7 prefecturas apostólicas) en un territorio de 861.000 km², más de las dos terceras partes del país.
Aunque la ley 89 de 1890 abrió una especie de compás de espera a la división de los muchos resguardos, la política de extinción de las comunidades indígenas continuó. Por ejemplo, la Asamblea Nacional Constituyente convocada por el general Rafael Reyes ratificó mediante la ley 5 de 1905, la legalidad de la venta de los resguardos efectuados en subasta pública y los derechos de los rematadores. La ley 104 de 1919 ratificó la división de los resguardos, y dispuso severos castigos expresados en despojo de la tierra para aquellos indígenas que se opusieron a la división. Posiblemente fue una reacción contra la rebelión de los terrajeros del Cauca --dirigida por Manuel Quintín Lame-- que entre 1914 y 1918 habían disputado el poder de la élite payanesa en las montañas del Cauca.