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El 27 de diciembre de 1821, San Martín convocó por primera vez a la ciudadanía con el fin que eligiera libremente un Congreso Constituyente, que tendría la misión de establecer la forma de gobierno que en adelante regiría al Perú, así como dar una Constitución Política adecuada. Dicho Congreso se instaló el 20 de septiembre de 1822 y su primer presidente fue el clérigo Francisco Xavier de Luna Pizarro.
San Martín, no pudo, sin embargo, culminar la guerra contra los españoles. Si bien todo el norte del Perú se había sumado voluntariamente a la causa patriota, el centro y el sur del país permanecían ocupadas por las tropas virreinales. San Martín consideró necesaria la ayuda militar externa y en pos de ella fue a entrevistarse en Guayaquil con el libertador Simón Bolívar, que al mando de la Expedición Libertadora del Norte, había logrado la independencia de los actuales territorios de Venezuela, Colombia y Ecuador, éste último, con ayuda de tropas peruanas. En laentrevista de Guayaquil, realizada entre los días 26 y 27 de julio de 1822, los Libertadores discutieron tres importantes cuestiones:
La suerte de Guayaquil, que siendo territorio peruano, fue anexado por Bolívar a la Gran Colombia.La ayuda que debía prestar Bolívar para el fin común de la independencia del Perú.La forma de gobierno que debían adoptar las nacientes repúblicas hispanoamericanas.