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Estructura profunda (o estructura-P) es uno de los niveles que reconocen los modelos representacionales de la gramática generativa transformacional. Su utilidad radicaba en ser una estructura primitiva y simple a partir de la cual pueden realizarse las transformaciones (en el modelo estándar) o la operación "muévase-α" (en Rección y ligamiento).
La estructura profunda se relaciona con la estructura superficial a través del llamado subcomponente transformacional del componente sintáctico. Es el tipo de relación que, por ejemplo, debe esperarse entre una oración activa y su forma pasiva. Por ejemplo, las oraciones "Antanas ama a Adriana" y "Adriana es amada por Antanas" significan lo mismo usando diferentes palabras. Estos dos enunciados son estructuras superficiales que se derivan de una misma estructura profunda. Esta diferencia es la que permite distinguir el concepto de gramaticalidad del de aceptabilidad.
La estructura profunda es abandonada en el programa minimalista al descartarse la concepción representacional de la gramática por un modelo derivacional sin niveles internos. Técnicamente la estructura profunda de principios y parámetros coincidiría con el primer estado del proceso derivacional que lleva a la forma realmente pronunciada (que sería similar a la estructura superficial).