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La excreción en protozoos se da inicialmente en el citoplasma donde se comienzan a forman vacuolas nutritivas y los residuos son expulsados por las vacuolas fecales. Por otro lado la excreción de las algas es siempre difundida al exterior, dependiendo del tipo de microorganismos y el tipo de proteína consumida este podrá ser amoníaco.
Sin embargo los hongos pueden tener un proceso de excreción diferente, ya sea por los productos de desecho son transportados en forma de una vesícula o vacuola excretora que vacía su contenidos hacia el exterior de la pared celular o son vertidos directamente en la pared celular de ellos determinando su toxicidad.
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