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Mariano Melgar nació en el departamento de Arequipa. Fue hijo legítimo de Juan de Dios Melgar Sanabria y Andrea Valdiviezo Gallegos, no habiéndose determinado si nació el 8 de agosto (día de San Mariano) ó el 10 de agosto (día de San Lorenzo) de 1790. Lo único que se sabe a ciencia cierta es que fue bautizado el día 12 de agosto de ese año en la catedral de Arequipa, por el párroco Matías Banda.
Estudios[editar]A temprana edad inició sus estudios en la escuela que funcionaba en el Convento de San Francisco de su ciudad natal. Se dice que a los tres años ya sabía leer y escribir. Su hermano José Fabio Melgar afirmaba que a los ocho años dominaba tan bien el latín a tal punto que lo enseñaba a sus compañeros de estudio. Otros afirman que antes de cumplir los diez años ya dominaba el inglés y el francés.
Su padre, que andaba en apuros económicos, solicitó que le concedieran a su hijo la capellanía eclesiástica establecida en una viña del Pago de Guarango en el valle de Majes, que contaba con una renta de 4.000 pesos. El deán y el cabildo eclesiástico de Arequipa accedieron a dicha solicitud, y así, Mariano fue nombrado Capellán propietario cuando apenas tenía seis años. Como requisito para hacer efectiva la posesión de la capellanía, el 2 de marzo de 1798, antes de cumplir los ocho años, Mariano recibió la prima tonsura de manos del obispo Pedro José Chávez de la Rosa y vistió el hábito clerical. Sin embargo, la satisfacción de su padre duraría pocos meses, pues las autoridades eclesiásticas suspendieron dicha concesión arguyendo una falla procesal; aunque don Juan de Dios entabló un litigio para que restituyeran la capellanía a su hijo, no logró finalmente su deseo.
El 19 de setiembre de 1807, Mariano aprobó el examen de ingreso al Seminario Conciliar de San Jerónimo, para estudiar Filosofía y Teología. Su acceso a la nutrida biblioteca de dicho Seminario, conocida como una de las más completas de Arequipa (si no la más completa), lo familiarizó con las obras clásicas y de la Ilustración. Se dedicó a hacer traducciones deVirgilio.
En 1810, gracias a sus brillantes estudios, se hizo merecedor a una beca de gracia y se encargó interinamente de la clase de Gramática en el Seminario. Luego se desempeñó sucesivamente como profesor de Latinidad y Retórica; Física y Matemáticas; y Filosofía (1811-1813).
El 21 de septiembre de 1810, recibió las órdenes menores, de manos del obispo Luis Gonzaga de la Encina y Perla, sucesor de monseñor La Rosa.
En 1812, por razones amorosas, abandonó la carrera eclesiástica y viajó a Lima para estudiar leyes, pero no se sabe si logró graduarse de doctor.