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Relacionada con las diferencias genéticas entre el patrón y la púa, materiales vegetales genéticamente diferentes, un sistema fisiológico anatómico y bioquímico totalmente diferente y con muchas interacciones posibles. Un ejemplo es la unión de membrillero con el Peral donde el primero trasloca glucósido cianogénico y el segundo lo degrada en ácido cianhídrico que llega a ser tóxico para ambos componentes, produce una generación de las estructuras matando grandes áreas de floema.
A veces los procesos de incompatibilidad los determina la mala ejecución de este procedimiento o talvéz la presencia de ciertos agentes extraños como patógenos que alteren los procesos metabólicos normales durante la formación de callo.
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