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Los ecosistemas acuáticos son todos aquellos ecosistemas que tienen por biotopo algún cuerpo de agua, como pueden ser: mares, océanos, ríos, lagos, pantanos, arroyos y lagunas, entre otros. Los dos tipos más destacados son: los ecosistemas marinos y los ecosistemas de agua dulce.El montante, variaciones y regularidad de las aguas de un río son de gran importancia para las plantas, animales y personas que viven a lo largo de su curso. La fauna de los ríos es de anfibios, peces y una variedad de invertebrados acuáticos.
Los ríos y sus zonas de inundación sostienen diversos y valiosos ecosistemas, no solo por la cualidad del agua dulce para permitir la vida, sino también por las numerosas plantas e insectos que mantiene y que forman la base de las cadenas tróficas.
El agua dulce de los ríos presenta una enorme variedad de composición. Como esta composición química depende, en primer lugar, de lo que el agua pueda disolver del suelo por el que discurre, es el suelo lo que determina la composición química del agua.
y los terrestres
Los ecosistemas terrestres se distinguen por su baja disponibilidad de agua y la importancia consiguiente de la misma como factor limitante, en oposición a los ecosistemas acuáticos. Los ecosistemas terrestres están caracterizados por fluctuaciones de temperaturas más amplias, tanto diarias como estacionales comparados con los ecosistemas acuáticos de climas similares.
La disponibilidad de la luz es mayor debido a que la atmósfera es más transparente que el agua.
Los gases son más disponibles en ecosistemas terrestres que en ecosistemas acuáticos. Tales gases incluyen dióxido de carbono que sirve como substrato para la fotosíntesis, oxígeno que sirve como substrato en la respiración aeróbica y nitrógeno que sirve como substrato para fijación de nitrógeno.
Los hábitats terrestres se dividen en una sección subterránea (suelo) de la cual se obtienen la mayor parte del agua y los iones y una sección atmosférica de la cual se obtienen los gases y donde la energía física de la luz es convertida en energía orgánica, enlaces de carbono-carbono, por medio de la fotosíntesis.