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Haeckel formuló en 1866 la "Teoría de la recapitulación".
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La teoría de la recapitulación sostiene que el desarrollo embrionario de cada especie (ontogenia) repite completamente la historia evolutiva de dicha especie (filogenia).
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Propuso una nueva clasificación de los reinos e introdujo los términos taxonómicos filo y familia. Haeckel también defendió la forma más radical de la teoría de la recapitulación, según la cual la ontogénesis sigue a la filogénesis. Presentó para ello diagramas manipulados de embriones.
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