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Los nuevos escenarios sociopolíticos de los países de América Latina se caracterizan por un mayor reconocimiento de la diversidad cultural de los Estados, así como por la constitución de los movimientos indígenas y afrodescendientes como actores sociales y políticos activos, logrando posicionar sus demandas en las agendas nacionales e internacionales. Esto conlleva la necesidad de diseñar políticas públicas tendientes a cerrar las brechas de equidad, en particular en el área de la salud, para lo cual disponer de información confiable, oportuna y pertinente sobre estos grupos es uno de los mayores desafíos que enfrentan los actuales sistemas estadísticos nacionales.En América Latina, los pueblos indígenas y afrodescendientes constituyen grupos étnicos muy heterogéneos, por tanto ¿;cómo definir un conjunto de variables con sentido que permitan abarcar con suficiencia estas identidades en los instrumentos de recolección de datos? Para avanzar en su respuesta, en este documento se analizan las implicaciones conceptuales de las preguntas sobre origen étnico en las fuentes de datos. Al analizar las experiencias nacionales y sobre todo la ronda de los censos 2000, se observan diferencias semánticas importantes en la identificación étnica, según la formulación de las preguntas y sus categorías: a veces se alude al concepto de etnia y otras al de raza. Asimismo, los términos hacen referencia a diferentes dimensiones de la definición de grupo étnico e implican distintos grados de exigencias en el compromiso de pertenencia. Si bien el criterio de autoidentificación es el recomendado a nivel internacional, el documento muestra que la operacionalización de este criterio es un asunto complejo y delicado, que requiere de estudios cualitativos previos, de debates y reflexiones, y de la implementación de pruebas pilotos.