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Los reptiles surgieron de alguna clase de anfibios, pero se desconocen los detalles de sus comienzos. Los restos de los reptiles más primitivos conocidos han sido hallados a comienzos del Carbonifero superior (hace unos 315 millones de años). Eran pequeños animales terrestres con un cierto parecido a los lagartos.
La región temporal del cráneo, detrás de las órbitas, se considera como un factor decisivo en la clasificación de los reptiles. Una característica distintiva de las diversas subclases es el número y naturaleza de los orificios de esta región craneal llamada "gena". En los reptiles más primitivos dicha región presenta una cápsula ósea entera sin aberturas o ábsides. Por ellos se sitúan en la subclase Anápsida.
En los reptiles parecidos a los mamíferos aparece una sola abertura con una barra ósea por debajo de ella, lo que podría estar asociado con cambios en el anclaje de los músculos del maxilar inferior. Dichos reptiles forman la subclase Synápsida.
Durante el periodo Pérmico apareció otro grupo de reptiles con 2 aberturas temporales a cada lado, cada una con una barra ósea por debajo. Se trata de la subclase Diápsida, que incluye a la mayoría de los reptiles, tanto actuales como extintos. Dos líneas principales de diápsidos se hicieron muy numerosas y variadas a finales del Triásico, cuando estaban desapareciendo los sinápsidos parecidos a los mamíferos. Una línea se llama Lepidosauria que significa "reptiles escamosos". Contiene la mayoría de los reptiles vivientes y abarca los órdenes Rhynchocephalia y Squamata. Este último formado por 3 subórdenes; Sauria, Ophidia y Anfisbaenidae.
El órden Rhynchocephalia está formado por dos especies de reptiles conocidos como "tuataras" que conservan la estructura típica de los primeros diápsidos, con 2 aberturas temporales, por lo que es considerado un auténtico fósil viviente. Sus parientes cercanos existieron en el Triásico.
Los primeros lagartos se dieron en el Triásico, pero las serpientes no aparecieron hasta el Cretácico inferior (hace 135 millones de años). Son los que más recientemente han evolucionado entre los mayores grupos de reptiles y en número de familias y especies ha tenido un éxito espectacular. Se tiene la creencia de que las primeras serpientes pudieron evolucionar de algún tipo de lagarto excavador desconocido, pero este dato está aún sin confirmar.
La otra línea principal de diápsidos fue la Archosauria, que tuvo un inmenso éxito durante el Jurásico y Cretácico (hace 190-65 millones de años). Los arcosaurios más espectaculares fueron los dinosaurios. Los Crocodylia son los únicos arcosaurios vivientes. Dicho órden está formado por 3 familias con 8 géneros y 22 especies.
Por último, el órden Chelonia (tortugas), estaban totalmente adaptadas en el Triásico y se desconocen sus orígenes. Sus características anatómicas únicas sugieren que divergieron del tronco reptiliano muy pronto. Se las sitúa en la subclase Anápsida, junto con los reptiles conocidos más primitivos.
En la actualidad existen :
Tortugas: 244 especies en 75 géneros y 13 familias. Escamosos: Lagartos: 3.751 especies en 383 géneros y 16 familias. Lagartos ápodos: 140 especies en 21 géneros y 4 familias. Serpientes: 2.789 especies en 417 géneros y 11 familias Tuataras: 2 especies en un único género. Cocodrilos: 22 especies en 8 géneros y 3 familias.