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ació en la aldea de Pampacolca, al pie del Coropuna, en la sierra arequipeña. Sus padres fueron el hacendado Gaspar Viscardo y Guzmán y doña Manuela de Zea y Andía. Era descendiente de un español asentado en el valle de Camaná desde principios del siglo XVII.
Vivió sus primeros años en su pueblo natal, hasta que viajó a Cuzco para estudiar en el Real Colegio de Nobles de San Bernardo, regentado por los jesuitas. Cuando en 1760 falleció su padre, ingresó al noviciado de laCompañía de Jesús en dicha ciudad. Hizo sus primeros votos en 1763. Su hermano José Anselmo también se inició como novicio en la misma orden. Pero en 1767 el rey Carlos III ordenó la expulsión de los jesuitas de España y sus dominios. Viscardo y sus compañeros fueron arrestados y llevados a Lima, siendo luego embarcados rumbo a España. Tras una penosa travesía arribaron a Cádiz.