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Desde muy temprana edad destacó como estudiante de alto coeficiente intelectual, cursando con tan solo 19 años Gramática Latina, Filosofía y la Sagrada Teología. En 1805 optó por el título de Bachiller en Medicina y luego por el Bachiller de Cánones (Leyes). La Universidad se negó a graduarle hasta que legitimara y limpiara su nombre, pues al ser hijo natural, no se le consideraba apto para el grado.
En 1797, contrae matrimonio con Manuela Espejo, hermana de Eugenio Espejo, considerado el precursor más importante de la Independencia del actual Ecuador y del cual fue discípulo.
Las imposiciones sociales y los prejuicios, dificultan la vida de José Mejía Lequerica en Quito y le animan a viajar a España en 1807, aunque siempre sintió la nostalgia de querer volver a su tierra natal. Cuando en 1808 las tropas francesas invaden la Península, Mejía Lequerica se une a la lucha contra los invasores, enrolándose en el ejército popular. Sale de Madrid disfrazado de carbonero y tras varias jornadas a pie llega a Sevilla donde vuelve a alistarse en el ejército popular, aquí escribe a su mujer: ...si salgo con vida y honra, como lo espero de Dios, tendrás en tu compañía un hombre que habrá mostrado no estar por demás en el mundo. Sobre su paso por las milicias españolas, escribió varios relatos.
Fue designado diputado suplente por Quito y el virreinato de Nueva Granada a las Cortes de Cádiz. Al no asistir el titular José Matheu, Conde de Puño en rostro, ocupa él el escaño. Desde que las Cortes se instalaron el 24 de septiembre de 1810 en San Fernando (Cádiz), Mejía defendió los derechos y las necesidades de América, la libertad de expresión y de imprenta y criticó duramente a la Inquisición en discursos llenos de brillantez y vehemencia, lo que le convirtió en uno de los más aplaudidos oradores de las sesiones de Cortes. Tras los trágicos acontecimientos en Quito del 2 de agosto de 1810, Mejía Lequerica intervino en Cádiz en defensa de la causa de los próceres asesinados, obligando al presidente Molina, entonces al mando de la Real Audiencia de Quito, a dar explicaciones públicas de lo acontecido.
En sus discursos avizoró algunos de los acontecimientos que se sucedieron luego de su muerte, como la caída del Imperio Español en la América hispana. Sobre José Mejía destaca el historiador ecuatoriano Pedro Fermín Cevallos:1
Mortal enemigo del despotismo defendió en las Cortes de España los derechos del pueblo español con valor y ardorosamente, los de América con ingenio y elocuencia, y los de Quito, su tierra natal, con ternura y con amor. Sus principios liberales, pero comedidos, fueron expuestos en «La Abeja», periódico que lo dirigían principalmente Mejía y Bartolomé José Gallardo.